インターネットカルチャーの記録によると、蓮コラージュの発祥は2003年前後の匿名画像掲示板（2ちゃんねるのオカルト板やCG・パロディ掲示板、ふたば☆ちゃんねる等）に遡ります。ブロードバンド回線が一般家庭へ急速に普及し、画像編集ソフト「Adobe Photoshop」などの一般利用が広がった時代背景が、この不気味なミームの温床となりました。
蓮コラの元ネタとして決定打となったのは、水生植物であるハスの花托（かたく）にある「規則的に並んだ種子の巣穴」です。初期の制作者が、女性の乳房や手足の皮膚写真に蓮の実のテクスチャを精密にブレンドし、「奇妙な奇病にかかった」という偽のテキスト（釣りテキスト）と共に投稿したことがすべての始まりでした。
当時のネットコミュニティでは、閲覧者を精神的に動揺させる「精神的ブラクラ（ブラウザクラッシャー派生のショッキング画像）」がアングラカルチャーとして流行していました。蓮の実コラは、直接的な流血やグロテスク描写を含まないにもかかわらず、生理的な嫌悪感を極限まで刺激する「新種の視覚兵器」として瞬く間に拡散され、ネットミームの歴史において最も悪名高い存在の一つとして定着したのです。
