進路選びで最も懸念される要素の一つが学費です。ヒューマンキャンパス高等学校の学費は、選択する「学習スタイル（通学頻度）」および「専門専攻の有無」によって大きく変動します。
高校卒業資格取得を目指す「普通科（一般通信コース）」の場合、年間学費は約30万〜40万円程度が目安となります。国が支給する「高等学校等就学支援金」の対象校であるため、世帯年収の基準（目安年収約910万円未満）を満たしていれば、1単位あたり最大12,030円（私立通信制高校の加算支給上限）が支援され、実質的な授業料負担は大幅に抑えられます。世帯年収約590万円未満の世帯では、授業料の実質無償化に近い水準まで軽減されるケースもあります。
注意が必要なのは、「専門チャレンジコース」や「専門コース」を選択する場合です。これらのコースでは高校の基本学費に加え、専門教育費（施設費や実習費を含む）として年間30万〜70万円前後の追加費用が発生します。専門教育費部分は就学支援金の対象外となるため、年間総額で70万〜100万円以上を見込む必要があります。出願前には必ず最寄りの学習センターで詳細な見積もりを取得し、3年間のトータルコストを把握しておくことが後悔を防ぐポイントです。
