事業の健全化と設備更新を目的に、運賃水準の見直しも随時行われています。越後交通の路線バスは基本的に「整理券方式の後払い（初乗り運賃〜距離制運賃）」を採用しており、現金利用時は乗車時に整理券を取り、降車時に運賃表示器と照合して運賃箱へ投入する伝統的なシステムが主流です。
通勤・通学のヘビーユーザー向けには、期間に応じた各種定期券（通勤定期券、通学定期券、全線フリーパス型定期券など）が販売されています。窓口での手続きに加え、一部券種ではスムーズな更新手続きに対応する動きも見られます。
利用者の関心が高いICカードの導入状況については、首都圏のような「全国相互利用交通系ICカード（Suica・PASMO等）」が一般路線バス全線へ完全導入されているわけではなく、路線やエリアによって決済手段の対応が分かれています。近年は一部の高速バス路線や特定窓口でのキャッシュレス対応、QRコード決済の実証・導入などが模索されていますが、日常的に一般路線を利用する際は、小銭の準備や回数券・専用定期券の活用が依然として確実です。
