ほんみちを理解するうえで避けて通れないのが、母体となった天理教との関係性と歴史的経緯です。両者は共通のルーツを持ちながらも、教理の解釈において明確な一線を画しています。
教団の創始者である教祖・大西愛治郎は、もともと天理教の熱心な教師でした。しかし大正時代、天理教の教祖・中山みきの啓示（「みかぐらうた」や「おふでさき」の真意）を直接受け継いだのは自分自身であると宣言。天理教本部と教理的な対立を深め、1925年に「天理教研究会」を設立して独立したのが、現在のほんみちの原点です。
天理教との主な違いは以下の点に集約されます。
ひとつは、神格化と継承の捉え方です。天理教が中山みきを「教祖（おやさま）」として仰ぎ、その血統や本部（奈良県天理市）の伝統を重んじるのに対し、ほんみちでは大西愛治郎を「甘露台（かんろだい）の理」を体現する唯一の真の継承者として位置づけます。
もうひとつは、歴史的な国家観です。戦前、大西愛治郎は天皇の現人神思想を否定する警告書を政府に送付したことで、治安維持法違反や不敬罪に問われ、二度にわたる激しい弾圧（不敬事件）を受けました。国家権力に妥協せず教理を貫いた歴史は、教団のアイデンティティに深く刻まれています。
