黒出目金の体色が黒から赤や素赤（赤と白の更紗）、虎柄へと変化する現象は、アクアリストの間で「色落ち」あるいは「退色」と呼ばれます。結論から言えば、この変色は病原菌の感染や寿命の限界による衰弱ではありません。魚自身は極めて健康であり、食欲も旺盛なまま色だけが変わっていくケースが大半を占めます。
色の変化を引き起こす最大の要因は、金魚の持つ色素細胞の遺伝的特性にあります。黒出目金は、もともと「赤出目金」の突然変異によって生み出された品種です。黒出目金の漆黒の体表は「黒色色素胞（メラノフォア）」が表皮に高密度で沈着することで維持されています。しかし、この黒色色素は金魚の遺伝子構造上、非常に不安定な性質を持っています。
成長過程におけるホルモンバランスの変化や、加齢による新陳代謝の推移に伴い、黒色色素胞が徐々に退縮していきます。その結果、下層に隠れていた「赤色色素胞（エリトロフォア）」や「黄色色素胞（キサントフォア）」が表面に露出し、まるで魔法のように赤く鮮やかな姿へと塗り替えられていくのです。
さらに、飼育環境の光量や水質も色素維持に直結します。屋内で極端に暗い環境で飼育し続けたり、逆に紫外線を含まない微弱な照明下で育てたりすると、メラニン合成酵素（チロシナーゼ）の活性が低下し、退色が一気に加速する傾向が確認されています。「病気かも」と焦って強い薬浴を行うと、かえって生体に深刻な薬害ストレスを与える恐れがあるため、まずは魚の泳ぎ方やフンの状態を冷静に観察することが不可欠です。
