シーシェパードと日本の因縁は、極めて根深いものがあります。彼らは南氷洋における日本の調査捕鯨のみならず、和歌山県太地町のイルカ追い込み漁も激しく標的に据えてきました。
太地町には「コーブ・ガーディアンズ」と称する活動家が常駐し、伝統的な漁を行う漁民や町民に対してカメラを突きつけ、SNSで一方的な批判動画を拡散して精神的な嫌がらせを続けました。また南氷洋では、調査捕鯨船に向けて悪臭を放つ酪酸（らくさん）入りの瓶を投げ込み、スクリューにロープを絡ませて航行不能に陥れようとするなど、人命を脅かす危険行為を平然と繰り返した歴史があります。
彼らが日本を標的にした最大の理由は、「白人主導の海洋保護運動において、アジアの捕鯨国を悪役に仕立て上げることが最も効率的な資金集め（プロパガンダ）になったから」に他なりません。ショッキングな映像を欧米メディアに提供して巨額の寄付を集めるというビジネスモデルが、彼らの原動力だったのです。
