瀬織津姫の正体を読み解く上で最大のミステリーが、天照大神との表裏一体の関係です。記紀とは異なる神代文字で記された古史古伝『ホツマツタヱ』において、天照大神（アマテル）は男性神として描写されており、その「正妃（后）」として君臨したのが瀬織津姫（別名：向津姫・ムカツヒメ）であると伝えられています。
この伝承を裏付ける決定的な拠り所が、伊勢神宮内宮の第一別宮である「荒祭宮（あらまつりのみや）」の存在です。荒祭宮の公式な御祭神は「天照坐皇大御神荒御魂（あまてらしますすめおおみかみのあらみたま）」とされていますが、鎌倉時代の伊勢神道文書『神道五部書』や『倭姫命世紀』の古記述には、荒御魂の別名が瀬織津姫である旨が記されています。
穏やかで恵みを与える太陽の「和魂（にぎみたま）」を天照大神とし、天変地異や強烈な浄化・変革を促す「荒魂（あらみたま）」の実体を瀬織津姫とする――。両者は対をなす同一の神格エネルギーでありながら、国家統治の都合上、女性神アマテラスの影として瀬織津姫が覆い隠されたという仮説は、古代史愛好家の間でも極めて説得力を持つ見解です。
