再生療法での骨再生が期待できない場合や、特定の根だけが局所的に致命的な骨吸収を起こしているケースでは、歯を物理的に分割・改造する歯周外科手術が選択肢に浮上します。
その筆頭が、下顎大臼歯で頻繁に行われる「分割抜歯」です。これにはヘミセクション手術の経緯と歴史的意義が深く関わっています。2本ある根のうち、片方の根の周囲だけ骨が底抜けに溶けてしまい、もう一方の根は健全な骨に支えられているケースにおいて、かつては歯全体を抜くしかありませんでした。しかし、歯冠と根を真っ二つに切断し、悪くなった側の根だけを抜去して健全な根を残すヘミセクションが開発されたことで、自前の歯根をブリッジや単独冠の土台として長期維持する道が拓かれました。
一方、2本の根がともに骨に支えられているものの、股の部分の清掃性が著しく悪いケースで採用されるのが「ルートセパレーション（歯根分離術）」です。歯冠を半分に切り離して2本の独立した小臼歯のような形態に作り変えることで、器具が届く環境を人工的に創出します。臨床現場におけるルートセパレーションの評判としては、「劇的に歯ブラシが通りやすくなり腫れが止まった」という肯定的な評価がある一方、「噛み合わせのバランスが崩れると分割した根に過剰な負担がかかり、歯根破折を招きやすい」という難しさも指摘されており、術後の精密な補綴（被せ物）設計が不可欠です。
さらに、3度の貫通病変に対して歯を削って分割せず、歯肉の位置を根元側に移動させてトンネルを完全に露出させるトンネリング処置の詳細まとめにも触れておく必要があります。この術式の目的は、患者自身が太めの歯間ブラシを反対側までズボズボと貫通させて毎日セルフケアできるようにすることです。歯を抜かずに済む利点がある反面、露出した歯根面が直接唾液や食物に触れ続けるため、根面う蝕（根元の虫歯）を猛烈に誘発しやすいという構造的リスクを抱えています。フッ素塗布の継続と徹底した自己管理ができる患者でなければ、長期的成功を収めることはできません。
