仕込んだ酢玉ねぎは、冷蔵庫に入れて約半日〜一晩（約12時間後）から美味しく食べられます。漬けた直後はまだ玉ねぎに角がありますが、ひと晩置くことで味が馴染み、2〜3日目にはさらに全体がとろりと調和してまろやかさが増します。
日持ちの目安は、冷蔵庫（10℃以下）で保管して約2週間〜最長1か月程度です。酢の強い殺菌力があるため比較的長持ちしますが、美味しさと食感を最大限に楽しむなら2週間前後で食べ切るのが理想的です。
保存性を保つためには、熱湯消毒やアルコール除菌を行った清潔な密閉ガラス容器を使うことが欠かせません。また、取り出す際には毎回清潔で乾いた箸やスプーンを使用し、玉ねぎが漬け汁から頭を出さないよう液に浸しておくことが長持ちさせるコツです。
