プロ志望届を提出しない、あるいはドラフト上位が見込めない実力者たちの最大の受け皿となるのが、大学球界の頂点に君臨する名門リーグです。高校球児の名門大学への進路先として絶大な人気を誇るのが、伝統の「東京六大学野球」と、実力伯仲の「東都大学野球（戦国東都）」です。
東京六大学野球への進路においては、早稲田大学、慶應義塾大学、明治大学、法政大学、立教大学、東京大学の各校がそれぞれ独自の採用基準を持っています。特に早稲田や慶應ではアスリート選抜入試や総合型選抜（旧AO入試）の比重が高まり、高校時代の全国大会実績に加えて評定平均3.5〜4.0以上や小論文・面接能力が厳格に求められます。「野球さえできれば入れる」という時代は完全に終わりを告げました。
一方、プロ輩出数で六大学を凌駕することも多い東都大学野球の進路・推薦枠では、青山学院大学、中央大学、亜細亜大学、国学院大学、東洋大学、駒澤大学といった強豪校がしのぎを削っています。東都各校は全国の甲子園常連校からスポーツ推薦で即戦力候補を毎年15〜25名程度確保しますが、練習環境の過酷さや上下関係、部内競争の熾烈さはプロ予備軍とも呼べる厳しさです。
各大学が夏場に実施する大学野球のセレクションの評判について現場の指導者に取材すると、「実質的にセレクションは最終確認の場であり、合格者の大半は事前に高校の監督と大学スタッフの間で内定が出ている」という証言が一貫して聞かれます。一般公募形式のオープンセレクションで数枠の奇跡的な合格を勝ち取るケースも存在しますが、基本的には高校時代の継続的なスカウティングとパイプが合否の決定打となっているのが実態です。
