放送から20年以上が経過した現在でも、「ニーナとアレキサンダー」はアニメ・漫画界を代表する悲劇的エピソードとして不動の知名度を誇っています。SNSでは、犬と人間が仲良く寄り添う写真に対して「やめるんだ」「勘のいいガキは嫌いだよ」といったリプライが飛び交うなど、ある種のネットミームとしても定着しました。
しかし、単なるネタ消費にとどまらず、現在も多くのファンが真摯にこのエピソードを語り続ける理由は、本作が提示した「生命の倫理」と「人間の業」という重厚なテーマ性にあります。
科学の発展や個人の利益のために生命を操作することへの警告、そして主人公が万能のヒーローではなく無力な少年に過ぎないという残酷なリアリズムが、この短いエピソードの中に完璧に凝縮されているからこそ、色褪せない衝撃を与え続けています。