映像とともに視聴者の記憶へ深く刻まれているのが、物語を盛り上げる歴代の音楽です。時代ごとに異なるアーティストが、少女たちのひたむきな情熱を楽曲へと昇華させています。
2005年ドラマ版の主題歌として社会現象的なヒットを記録したのが、aikoの歌う「キラキラ」です。夏の光が反射する水面の煌めきと、青春期の切なくも前向きな心情を疾走感あふれるメロディに乗せた名曲であり、今なお「夏の青春ドラマといえばこの曲」と多くのファンから挙げられます。
一方、劇場アニメ版ではアイドルグループ・僕が見たかった青空が歌う「空色の水しぶき」が主題歌に採用されました。透明感あふれる瑞々しいコーラスワークが、3DCGで描かれた美麗な瀬戸内海の情景と見事にシンクロし、クライマックスの感動を何倍にも引き立てる効果を生み出しています。