二階政治の最大のアキレス腱であり、国民の激しい不信を招いたのが「政策活動費」の問題です。自民党本部から幹事長在任中の二階氏個人に対し、領収書や使途の公開が義務付けられていない政策活動費として、5年間で総額約47億7,000万円（約50億円）が支出されていた事実が判明しました。
国会答弁や記者会見で使途の開示を求められた際、二階事務所側は「書籍代に約3,500万円を使った」などと釈明したものの、残り数十億円に及ぶ巨額資金の具体的な使い道は闇に包まれたままです。選挙対策費や党内議員への陣中見舞い、情報収集費などに使われたと推測されていますが、客観的な証拠は一切提示されませんでした。
公開されている国会議員の資産公開データにおいて、二階氏の個人資産は数千万円規模と報告されていましたが、政治団体や関係企業を介した資金の流れ、長年にわたる強固な後援会組織のネットワークを含めると、その政治的・経済的基盤は計り知れない規模に達していました。この50億円問題は、政治資金規正法の改正論議において「政策活動費の廃止・透明化」を求める世論の決定打となりました。
