第6世代の『ポケットモンスター X・Y』および『オメガルビー・アルファサファイア（ORAS）』において、メガストーンの収集はエンドコンテンツの中心に位置づけられていました。単にストーリーを進めるだけでは入手できず、特定の時間帯やサブイベントのクリアが必須となるギミックが多数盛り込まれていたのです。
特にポケモンXYのメガストーンの場所に関しては、殿堂入り後にヒャッコクシティの日時計でメガリングをパワーアップさせた後、「毎日20:00〜20:59の1時間限定」でしかフィールド上に光が現れないという厳格な探索条件が設定されていました。フシギバナイト、カメックスナイト、リザードナイトなどの初代御三家ストーンはミアレシティの石屋で高額購入（スタイリッシュ度に応じて値引き）が可能でしたが、フーディナイトやハッサムナイトなどは暗闇のダンジョンや特定座標を時間内に巡る綿密なルート構築が求められました。
一方のORASでは、キーストーンの入手場所がメガバングルへと進化し、物語の中でダイゴから託されます。さらにホウエン御三家（ジュカイン、バシャーモ、ラグラージ）のストーンをはじめ、グラードン・カイオーガの「ゲンシカイキ」、そして宇宙空間でメガシンカを遂げるレックウザの「ガリョウテンセイ」習得イベントなど、演出面でも大幅な深化を遂げました。
