まず押さえるべきは、それぞれの役職が属する「組織」のレイヤーだ。総裁とは、政党(主に自由民主党)における最高責任者を指す。つまり、一政党のプライベートなリーダーに過ぎない。これに対し、総理大臣(内閣総理大臣)は、日本国憲法に基づき国会から指名された「行政の長」である。日本という国家そのもののリーダーだ。
自民党が政権を握り続けているため、結果として「自民党総裁=内閣総理大臣」という図式が定着している。しかし、これは絶対のルールではない。もし野党が政権を取れば、自民党総裁はただの野党第一党の党首となり、総理大臣には別の人物が就任することになる。