計画運休が実施された際、混乱しやすいのが「振替輸送」と「払い戻し」の手続きだ。原則として、計画運休が事前に決まっている区間では振替輸送が実施されないケースが多い。振替先の路線も同様に運休しているか、混雑パンクを防ぐために受入を制限するためだ。
また、交通系ICカード（SuicaやPASMOなど）で改札に入場した後に運休が決まった場合と、定期券や紙の乗車券を所持している場合では対応が異なる。チャージ残高で乗車しようとした場合は入場取消の手続きが必要だ。一方、あらかじめ購入していた特急券や指定席券は、台風による運休決定時に手数料無料で全額払い戻しされるため、駅の改札窓口に長蛇の列を作るのではなく、後日落ち着いてWEBや自動精算機で手続きを行うのが賢明だ。
