水族館の巨大水槽を眺める際、水族館での見分け方を把握しておくと観察の深みが格段に増します。国内の水族館で「マンタ」として親しまれている個体の多くは、実はオニイトマキエイではなくナンヨウマンタです。
沖縄美ら海水族館をはじめとする国内主要施設で複数飼育・繁殖に成功しているマンタのほとんどは沿岸域のサンゴ礁を好むナンヨウマンタであり、外洋性で成長すると横幅6mを優に超えるオニイトマキエイの長期飼育例は世界的に見ても極めて稀少です。この2種を識別するポイントは、腹側の斑紋パターンと口の周囲の色彩にあります。
ナンヨウマンタは腹部の斑点がエラ穴の周辺や下腹部に集中しており、口の周りが白っぽく明るい特徴を持っています。対してオニイトマキエイは、口の開口部周辺が黒ずんでおり、腹部の斑点はエラよりも後方の下腹部のみに現れます。また、背側の白い模様（シェブロンマーク）の境界線がT字状にクッキリと際立っているのがオニイトマキエイの特徴です。
さらに水槽内には、マンタ以外にもマダラトビエイやウシバナトビエイなど「中層を泳ぐ別のエイ」も同居しています。頭部の先端にクルクルと巻いた頭鰭があればマンタ（イトマキエイ類）、頭部が鴨のクチバシのように突き出ていればマダラトビエイ類と判別できます。
