今回の事態を受け、文部科学省も即座に動いた。最高学府での失態に対し、担当部署を通じて事件の詳細な報告を大学側に求めている。公的資金や科研費をはじめとする税金が投じられている以上、事態の深刻さは一大学の枠を超え、日本の学術行政全体の根幹に関わる問題として捉えられている。
近年、国内の高等教育機関で相次ぐ大学不祥事に対し、行政側の監視の目はこれまでになく厳しい。助成金の交付見直しや指導・監督権限の発動も含め、制度上の抜本改革を求める議論が巻き起こっている。信頼の失墜は研究現場全体への予算配分や国際的な評価にも影響を及ぼしかねず、国を挙げた厳格な対応が迫られている。