電波時計の説明書には判で押したように「電波の届きやすい窓際に置いてください」と記されています。しかし、建築技術が進展した現在、この常識には大きな落とし穴が存在します。
近年の新築マンションや高断熱住宅で標準採用されている「Low-E複層ガラス」や「網入り防災ガラス」は、特殊な金属膜コーティングや金属ワイヤーが封入されているため、熱や紫外線だけでなく長波電波（JJY）まで強烈に遮蔽・反射します。「窓際に置いているのに一向に合わない」と悩む住宅の多くが、実は窓ガラスそのものが巨大な電波シールドになっているケースです。この場合、窓を少し開けて網戸越しにするか、木造壁側の部屋の中央に置いた方が受信感度が向上するという逆転現象すら起こります。
さらに、ネット上で散見される「電波時計をスマホの時計アプリに近づければ自動で合う」という言説も危険な誤解です。スマホの画面に表示された正確な時刻を電波時計が光学的・非接触で読み取ることは不可能です。それどころか、スマホ本体内部の強力なスピーカー磁石やQiワイヤレス給電コイルの近傍に時計を置くことで、内部のステップモーターが磁気帯び（帯磁）を起こし、針が永久に動かなくなる二次被害すら引き起こします。
