Q1：depend on と depend upon に意味の違いはありますか？
A1：意味上の違いは全くありません。uponを使うとよりフォーマルで格調高い響きになりますが、現代の日常会話や一般的なビジネスメールでは「on」を使うのが主流です。
Q2：「That depends.」と「It depends.」はどう使い分ければいいですか？
A2：実質的にほぼ同じ意味として使われます。ニュアンスとして「That depends.」は直前の相手の発言内容（That）を強く受けて「その質問の内容次第だね」と返すニュアンスがやや強くなりますが、どちらを使っても自然です。
Q3：depend of という組み合わせは存在しますか？
A3：動詞dependの後ろにofが来ることはありません。ただし、形容詞の「independent（独立した）」の名詞形である「independence」の後ろには「of」または「from」が続き、「independent of ~（〜から独立した）」となるため、混同しないよう注意が必要です。
