大学組織における「特定助教」とは、主に競争的研究費や企業との共同研究、寄附講座などの特定財源を原資として雇用される有期雇用の助教を指します。学校教育法上の「助教」としての身分を持ちながらも、大学の通常予算（運営費交付金など）で雇用される一般の助教とは明確に区別されています。
理解を深めるために、一般助教およびポスドク（博士研究員）との違いを比較してみましょう。
- 一般の助教（専任・テニュア／テニュアトラック）：大学本体の基盤予算から人件費が支出され、自身の自由な学術研究に加えて学部・大学院の講義や学内分掌（入試業務や各種委員会活動）を幅広く担当します。
- 特定助教：プロジェクト資金等から人件費が賄われ、基本的には「受託研究や指定プロジェクトの遂行」が主業務となります。学内校務や一般的な授業負担が免除または大幅に軽減される一方、プロジェクト終了と同時にポストが終了する原則があります。
- ポスドク（研究員）：身分上は教員ではなく「職員・研究員」扱いとなるケースが多く、自ら研究責任者（PI）として学内手続きを行ったり公式な主指導教員になったりする権限が制限されがちです。これに対し、特定助教は「教員」の肩書を持つため、外部資金の申請資格や対外的な発信力において優位性があります。
