大井町線を利用する上で最も旅行者や乗り慣れていない人を混乱させるのが、行先表示板に灯る「青色」と「緑色」の各駅停車表示です。この2つの違いは、二子玉川〜溝の口間にある「二子新地駅」と「高津駅」に停車するか否かという点に集約されます。
多摩川を渡る二子玉川〜溝の口間は、田園都市線の線増として整備された複々線区間です。大井町線の専用線路（外側）には二子新地駅と高津駅のホームが設けられておらず、ホームがあるのは内側を走る田園都市線の線路側のみというインフラ上の特殊な構造を抱えています。
【緑色の各駅停車（通称：緑各停）】
大井町線の専用線路を走り続けるため、二子新地と高津のホーム物理的に存在しない線路を通過します。二子玉川を出ると次は終点の溝の口まで止まりません。
【青色の各駅停車（通称：青各停）】
二子玉川駅の手前で転線し、田園都市線の走行ライン（内側線）に入ります。これにより、田園都市線の各駅停車と同じように二子新地駅・高津駅のホームに停車することが可能になります。
もし二子新地や高津へ向かう目的で「緑色の各停」に乗ってしまうと、二子玉川の次はいきなり溝の口まで運ばれてしまい、引き返す羽目になります。駅の電光掲示板や列車の種別カラーが「青」か「緑」かを見分けることが、この区間を使いこなす絶対ルールです。
