乗船当日に混乱を招きやすいポイントとして、「乗り場への動線」と「天候・潮位による運休トラブル」が挙げられます。
アクアライナーのメイン乗り場である「大阪城港」の最寄り駅は、JR大阪環状線の大阪城公園駅（徒歩約3分）、もしくはOsaka Metro長堀鶴見緑地線の大阪ビジネスパーク駅（徒歩約5分）です。駅から港までは平坦な遊歩道でアクセスしやすく、迷う心配はほぼありません。
しかし、天守閣の見学を終えた後に「大阪城港」へ向かおうとするルートには罠が存在します。天守閣から極楽橋を渡り、青屋門を抜けて大阪城港に至るルートは直線距離こそ近いものの、高低差と広い敷地のため、実移動時間は早足でも15分以上を要します。出航直前に城を出発して乗り遅れるトラブルが頻発しているため、天守閣見学後の移動には最低でも30分の余裕を確保することが鉄則です。
さらに注意を要するのが運休リスクです。水上バスの運休理由は大雨や台風といった荒天だけではありません。大川の水位や潮の満ち引き（潮位）によって、船が橋の下を安全に通過できる限界クリアランスを下回る場合、晴天であっても急遽運休やコース短縮が決定されます。公式発表資料や公式SNS、WEBサイトの運行状況速報ではリアルタイムの運航情報が更新されているため、港へ向かう前に「アクアライナー運行状況現在」をチェックするルーティンを徹底してください。
