藤井の芸術的価値は、公的な美術館による永久収蔵という形でも証明されている。長谷川町子美術館（東京都世田谷区）や、母校である東京藝術大学美術館をはじめ、数々の公的機関や著名なプライベートコレクションに彼の作品が収蔵されている。
美術館が収蔵を決める基準は極めて厳しい。単なる技術の高さだけでなく、日本の工芸史における位置付けや作品が持つ永久的な芸術性が問われる。藤井作品が選ばれ続けている事実は、彼が単なる一過性の人気作家ではなく、将来的な美術史の文脈においても重要な位置を占める存在であることを示している。
「磁土は嘘をつかない。自らの呼吸と指先のわずかな震えまで、すべてが焼き上がりの青の中に露出する。だからこそ、偽りのない生命を吹き込みたい。」――工芸関係者に語られた藤井の作陶姿勢
