医学部の教育力は、母体となる大学病院の臨床力と不可分です。本院である東京慈恵会医科大学附属病院（東京都港区）をはじめ、葛飾医療センター、第三病院（狛江市）、柏病院（千葉県）の計4病院は、合計2,700床を超える圧倒的な病床規模を有しています。
付属病院の臨床体制について、同院に勤務する若手専修医は学内広報や医学会シンポジウムの手記で次のように現場の質感を証言しています。
「新橋という立地柄、高度な専門医療を求める全国からの紹介患者や政財界の重鎮から、近隣に住まう地域住民まで、受け持つ症例の幅広さは都内屈指です。慈恵では初期研修医であっても『一人の自立した医師』として扱い、問診や方針検討において自分の頭で思考することを厳しく、かつ温かく求められます。上級医が理不尽な怒号を飛ばすような前時代的なカルチャーは皆無であり、カンファレンスで研修医の意見が真っ当であれば即座に採用される風通しの良さがあります」（現役専修医の手記より）
患者側からの評判に関しても、医療機能評価機構の受審結果や各種病院満足度調査において、医師および看護師の接遇面、丁寧なインフォームドコンセントに対する高評価が目立ちます。高度先進医療の実践と地域密着・患者本位の姿勢が高次元で両立している点が、現場から伝わる慈恵のリアルな姿です。
