春先に最も混同されやすいのが、同じモクレン科の「白木蓮（ハクモクレン）」です。遠くから見るとどちらも白い大輪の花を咲かせているため一見同じように見えますが、近づいて観察すると明確な識別ポイントが3つあります。
1. 花の根元に「葉」があるかどうか（最大の決定打）
コブシの花の基部（付け根）を観察すると、必ず小さな緑色の若葉が1枚だけ添えられるように付いています。対してハクモクレンは、開花期に葉が一切出ず、花だけが枝先に単独で咲きます。見分けに迷ったら、まず花のすぐ下を確認するのが最も確実です。
2. 花の開き方と向き
ハクモクレンの花は肉厚で、上を向いてチューリップや盃（さかずき）のような半開きの状態で咲きます。完全に開ききることはありません。一方、コブシの花は上向きだけでなく横や斜めなど自由な方向を向き、花びらが平らに全開するのが特徴です。
3. 花びらの枚数とサイズ
ハクモクレンの花びらは、花弁6枚と萼片3枚が同色・同形に発達しているため、外見上は「肉厚な花びらが9枚」あるように見えます。サイズも10〜15センチと大柄です。コブシは花弁が6枚で薄く、基部に帯状の淡いピンク色（紫紅色の筋）がほんのりと入ることがあります。
