河南中学校の特色を語る上で欠かせないのが、生徒の自主性を伸ばす部活動の取り組みです。なかでも出雲市立河南中学校の吹奏楽部は、全日本吹奏楽コンクール島根県大会等で上位入賞を重ねてきた歴史があり、表現力豊かな演奏スタイルで地域イベントや定期演奏会でも高い人気を誇ります。
もちろん運動部も盛んで、野球部、サッカー部、陸上部、バレーボール部、卓球部、剣道部などが日々熱心に練習へ励んでいます。出雲市総体や島根県中学校総合体育大会（県総体）への出場を目指し、限られた練習時間の中で効率的なメニューを組む「文武両道」のスタイルが定着しています。近年進む部活動の地域連携やガイドラインの遵守にも柔軟に対応し、生徒が学業と両立しながら打ち込める環境が保たれています。
