高校選びや進学の観点から、沖縄水産高校の教育環境にも大きな関心が集まっています。学校全体の偏差値はおよそ38〜42前後（学科・コースにより変動）となっており、学力試験のハードル以上に「明確な目的意識を持って入学する生徒」が多い点が特徴です。
設置学科は専門性が高く、以下のような多彩な学びが用意されています。
- 海洋技術科：大型実習船「海邦丸」での長期航海実習を通じ、航海士・機関士の国家資格取得を目指す看板学科。
- 海洋サイエンス科：水産生物の増養殖や環境保全、食品加工技術などを科学的に探究するコース。
- 総合学科：情報ビジネス、マリンスポーツ、調理・栄養など、生徒の興味に応じた柔軟なカリキュラムが人気。
小型船舶操縦士や潜水士、無線技士などの国家資格を在学中に取得できるサポート体制が整っており、海を愛する生徒や実用的なスキルを身につけたい層から高い評判を得ています。
