理想的な福祉施設としてスタートを切った小石川養生所ですが、開設直後は予想もしない深刻なトラブルに見舞われました。なんと「患者がまったく集まらない」という事態に陥ったのです。
当時の江戸市中では、「お上（幕府）がタダで飯を食わせ、薬をくれるはずがない」「生きたまま毒薬の実験台にされるのではないか」「死体を切り刻まれる場所だ」といった根拠のない流言飛語が瞬く間に拡散しました。定員40名に対して集まった患者はわずか数名という閑古鳥が鳴く状態が続いた記録が残されています。
この風評被害を打破したのが、町奉行・大岡忠相の現場改革でした。大岡は町名主や家主に対し、「病人を隠さず養生所へ連れていくこと」を徹底させるとともに、入所して回復した町民を無事に長屋へ帰宅させました。「手厚く看病され、本当に病気が治って帰ってきた」という元患者の生の声が口コミで広がるにつれ、人々の恐怖心は劇的に払拭されていきます。
その後は利用希望者が後を絶たなくなり、増築を重ねて定員は100名を超え、幕末に幕府が瓦解する1868年（慶応4年）まで約140年余りにわたり、江戸の困窮者を救い続ける信頼の拠点となりました。
