部瀬名海中公園へ向かう際、那覇空港からは沖縄自動車道（許田IC経由）を利用して車で約75分。駐車場は「部瀬名海中公園・ブセナビーチ共用駐車場」が用意されており、公園利用者は無料で駐車可能です。
駐車場からチケット売り場を経由し、展望塔のある岬の先端までは約1kmの距離があります。この間を結ぶのが、20分間隔で運行されている無料の赤色レトロシャトルバスです。海風を感じながら徒歩で移動するのも約10〜15分の爽快な遊歩道散策になりますが、真夏の炎天下や雨天時はシャトルバスの発車時刻に合わせて移動するのが賢明です。
見学にかかる全体の所要時間目安は以下の通りです。
・セット見学（展望塔＋ボート＋移動）：約1時間30分〜2時間
・海中展望塔のみ（移動込み）：約45分〜1時間
・グラス底ボートのみ（移動込み）：約50分〜1時間
