どんなに優れた健康法であっても、過剰な実践や誤った動作は逆効果をもたらします。鼻うがいの適正回数は1日1回〜2回が限度です。おすすめのタイミングは「帰宅直後（外から持ち込んだ花粉・ウイルスを除去）」および「朝起きた直後（就寝中に溜まった鼻水や乾燥のケア）」です。
清潔にしたい一心で1日に何回も過剰に行うと、粘膜を守っている正常な粘液層まで洗い流してしまい、かえって粘膜が乾燥して防御力が低下する「ドライノーズ」を招くデメリットがあります。
また、最も警戒すべきトラブルが「中耳炎」の発症です。鼻と耳は「耳管（じかん）」という細い管でつながっています。洗浄液を鼻に注入している最中に唾を飲み込んだり、洗浄直後に力任せに強く鼻をかんだりすると、耳管を通じて細菌混じりの洗浄液が中耳腔へと逆流し、激痛や炎症を引き起こします。洗浄中は絶対に唾を飲み込まず、終わった後も力いっぱい鼻をかまないよう細心の注意を払ってください。
