ディスカウント色の強いスーパーを利用する際、最も気になるのが「どのような決済手段が使えるのか」という点です。徹底した低価格を維持するために現金専用とするディスカウンターも多い中、ベルクスでは順次利便性の向上が図られています。
現在、スーパーベルクス全店で主要国際ブランドのクレジットカード（VISA、Mastercard、JCB、American Express、Diners Club）が利用可能です。日常の食材購入でクレジットカードのポイントをしっかり貯めたい方にとっても安心して利用できる環境が整っています。
一方で、電子マネーやQRコード決済（PayPay、楽天ペイ、d払いなど）の導入状況については、セルフレジやセミセルフレジの導入機型、店舗によって取り扱いが異なる場合があります。交通系ICカード（SuicaやPASMO）や一部電子マネーが利用可能なレジも増えていますが、全店共通の一律対応ではないケースがあるため、レジ前の表示パネルや店頭案内を確認することが推奨されます。
ベルクスでは支払いをスムーズに行えるよう、自動釣銭機付きのセミセルフレジの導入が進んでおり、特売日のレジ待ち時間短縮にも注力されています。
