高校進学において保護者にとって最大の関心事の一つが学費です。北海学園札幌高校では、国の就学支援金制度に加えて、独自の特待生制度（学業特待・部活特待）を設けています。
学業特待では、中学校の内申ランク（Aランク〜Bランク等）や一般入試の得点上位者に対して、入学金相当額の給付や授業料の全額・半額免除が適用されます。公立上位校（札幌旭丘高校、札幌月寒高校、札幌手稲高校など）の併願先として特進コースを受験し、特待生資格を獲得した上で学園札幌に進学する選択をする家庭も少なくありません。
さらに、同校最大の強みは「北海学園大学へのスムーズな接続」による生涯教育コストの最適化です。一般入試の厳しい競争や過度な受験ストレスを回避しつつ、道内私学のトップブランドである北海学園大学へ進学し、地元優良企業や公務員への就職を目指すキャリア戦略は、極めて高いコストパフォーマンスを誇ります。
