創価学会を取り巻く議論の中で、最も長年にわたりくすぶり続けているのが、政党「公明党」との密接な関係である。批判派が強く主張するのは、特定宗教団体が事実上の親体として政党を立ち上げ、国政に強力な影響力を行使することが日本国憲法第20条（政教分離）の精神に反するのではないかという点だ。
政治・政界の現場において、創価学会の誇る組織票は選挙の成否を左右する絶対的な威力を誇ってきた。政治ジャーナリズムの視点からは、公明党が連立与党に入り続けることで、創価学会の意向が国の政策決定や法改正に反映されているのではないかという疑念が絶えない。学会側は「憲法が保障する結社の自由と政治参加の権利に基づく行動であり、政教分離は国家権力が特定宗教を優遇・圧迫することを禁じたもの」と正当性を主張するが、一般社会との間には埋まりがたい認識のギャップが存在する。
