物語のクライマックス手前、変異したジャックを倒したイーサンには過酷な決断が突きつけられます。手元に残された特異菌の血清はわずか1本。妻である「ミア」に打つか、脱出の手引きをしてくれたベイカー家の娘「ゾイ」に打つかというエンディングの分岐です。
この選択によって、物語の展開と結末は明確に分かれます。
ミアに血清を投与するルートでは、廃船内でミアを操作してイーサンを救出する展開へ進みます。ミアは正気を取り戻し、最終的にイーサンと共に救助ヘリで生還を果たす正史（カノン）エンドを迎えます。
一方、ゾイに血清を投与するルートを選ぶと、ボートで脱出を図る途中でエヴリンの怒りを買ったゾイが石灰化して死亡。さらに廃船内で特異菌に完全支配されたミアとイーサンが戦わざるを得なくなり、イーサン自身の手でミアを射殺するという極めて後味の悪いバッドエンドを迎えます。
では、正史ルートで取り残されたゾイの生存ルートはどうなったのでしょうか。その答えは、追加DLC『End of Zoe』で描かれます。エヴリンの呪縛によって結晶化の危機に瀕していたゾイは、ジャックの実兄である伯父ジョー・ベイカーの決死の奮闘によって新薬を投与され、奇跡的に命を救われます。一家の中で唯一生き残ったゾイの救済によって、ベイカー家の物語は真の終焉を迎えました。
