八代駅は、九州旅客鉄道株式会社と肥薩おれんじ鉄道株式会社が構内を共有・隣接する構造になっている。鹿児島本線から肥薩おれんじ鉄道への乗り換えは、案内表示に従って跨線橋や連絡通路を渡るだけと非常にシンプルだ。ただし、ICカードの対応エリアや運賃体系が各社で異なるため、乗車前に切符を購入しておくのが確実である。
九州新幹線へ乗り換える場合は、一駅となりの新八代駅を利用するルートが標準的だ。新八代駅までは鹿児島本線でわずか数分。なお、肥薩線沿線の復旧状況や観光列車の運行日程によっても乗り換えの流れが変わるため、駅構内の最新案内板にも注意を払っておこう。