本作に触れる読者が直面しやすい疑問が、「原作小説と漫画版、どちらから追うべきか」「なぜ漫画が2種類存在するのか」という点です。メディア展開の構造を正しく把握することが、作品を深く楽しむための第一歩となります。
原点は、日向夏氏が手がけるライトノベル『薬屋のひとりごと』（主婦の友社／ヒーロー文庫）。緻密な時代考証と生薬の専門知識、登場人物たちの乾いたモノローグが特徴の重厚なミステリー小説です。そして現在、この原作をもとに2つの出版社から異なるコミカライズが連載されています。
月刊『ビッグガンガン』（スクウェア・エニックス）で連載中のねこクラゲ氏（構成：七緒一綺氏）版は、華やかで可愛らしいキャラクターデザインと感情豊かな表情描写が際立ちます。少女漫画ライクな演出や猫猫と壬氏のラブコメディ要素が視覚的に強調されており、アニメ版のキャラクターデザインのベースとしても広く親しまれています。
一方、月刊『サンデーGX』（小学館）で連載中の倉田三ノ路氏版（『薬屋のひとりごと〜猫猫の後宮謎解き手帳〜』）は、ミステリーとしての論理的構成とサスペンス性を重視。後宮の権力闘争や政治的謀略、心理戦が硬派に描かれており、原作小説の持つシリアスな空気感を忠実に再現しています。
アニメ版は、この両者の長所を巧みに抽出。ねこクラゲ版の親しみやすいビジュアルとキャラクターの愛らしさを前面に出しつつ、倉田版が得意とする重厚な推理劇と伏線回収のロジックをアニメーションならではのテンポ感で再構築しています。
