アニメ同人誌を語る上で避けて通れないのが、著作権法との関係性です。原作のキャラクターデザインや世界観を借用して描かれる二次創作物は、法律上「二次的著作物」に該当し、原著作者の許諾を得ていない場合は翻案権（著作権法第27条）や同一性保持権（同法第20条）の侵害に当たる可能性を構造的に内包しています。
かつて1999年に起きた「ポケモン同人誌事件」など、アニメ二次創作を巡る判例や歴史的経緯を振り返ると、過激な表現や公式と誤認させるような流通形態が刑事告訴へと発展した事例も存在します。2018年のTPP（環太平洋パートナーシップ協定）関連法整備によって著作権侵害の一部が非親告罪化された際にも、パロディや二次創作文化の萎縮を防ぐ目的で「市場における原作の収益性を不当に害さない二次創作」は非親告罪化の対象から除外されるという特別な配慮がなされました。
現在のアニメ同人誌市場が成立しているのは、権利者がファンの熱量を理解し、作品のプロモーション効果やコミュニティの活性化を考慮して権利行使を控えている、いわゆる「親告罪を前提とした黙認関係」があるためです。同人誌の違法性を巡るネットの反応でも、「公式の寛容さに甘えすぎず、敬意と節度を持つべき」という意見が大多数を占めています。
こうした状況を受け、近年多くの版権元が二次創作ガイドラインが策定される理由として、許容できる範囲（非営利目的、過度な性的・暴力的表現の制限、公式ロゴの不使用など）を明確化し、クリエイターと権利者の双方が安心して共存できる環境を整える狙いを挙げています。
