アクアパーク新潟へのアクセスは、北陸自動車道からのアクセス性に優れており、遠方からのドライブコースとしても極めて優秀です。最寄りの北陸自動車道「柏崎IC」から車で約10〜15分という至近距離に位置しており、市街地幹線道路を経由して迷うことなく到着できます。
公共交通機関を利用する場合は、JR信越本線・越後線の「柏崎駅」が基点となります。柏崎駅前バスターミナルから路線バスを利用して約10分、または駅からタクシーを利用してもワンメーター強から千円前後でアクセス可能です。
アクアパーク新潟の駐車場は、隣接するスポーツ施設群と共用を含めて約300台以上を収容できる無料大駐車場が整備されています。ただし、夏場の市民水泳大会や水球の全国大会、冬場のスケート競技会が同施設内で開催される日には、午前中の早い段階で正面駐車場が満車となる場合があります。その際は、案内看板に従い第二・第三駐車場や周辺の臨時駐車エリアへ誘導されるため、イベント日程の事前確認が推奨されます。
