紙巻きタバコとの根本的な違いは、火をつけて葉を燃やすか、電気で加熱するかという点にある。紙巻きタバコが約800度で燃焼するのに対し、アイコスをはじめとする加熱式たばこは300度前後の低温で加熱する。このプロセスの違いによって、タールや一酸化炭素といった有害化学物質の発生量が最大90%以上削減されるとされる。
しかし、毒性物質の削減がそのまま病気のリスク低減に直結するわけではない。害が「減った」からといって「安全」になったわけではないという点だ。最新の比較研究では、特定の微小粒子や低用量でも毒性を示す化学物質が依然としてエアロゾル中に残存し、血管内皮の機能を損なう可能性が指摘されている。