本作でQRコードを読み込むには、まずストーリーを一定まで進めて特定の施設を解放する必要があります。ケータ（USA側）とイナホ（日本側）のどちらを操作しているかによって窓口の場所が異なるため、まずはそれぞれの妖怪ウォッチ3 QRコード 読み取り場所を把握しておきましょう。
USA側では、ケータ編第2章の途中で訪れるセントピーナッツバーグの「アル・カカル銀行」にいる受付のお姉さんに話しかけることで機能が解放されます。一方、日本側ではイナホ編第3章でさくら住宅街にある「こぶた銀行」の窓口を利用できるようになります。
玩具連動における妖怪メダル QRコード 読み込みは、3DS本体の外側カメラを使用して行います。片方の主人公で読み取ったアイテムは「きょうゆうボックス」などを経由して渡せるものも多いため、ストーリーの早い段階で両方の銀行を使える状態にしておくのがスムーズな攻略の第一歩です。
