多くの海水浴皮膚炎は数週間で治癒しますが、後遺症が残るケースもあります。
クラゲ刺傷後の色素沈着は非常に一般的で、患者の約40%に発生します。これは炎症によってメラニン産生が亢進するためで、完全に消えるまで6ヶ月から2年かかることもあります。特にカツオノエボシによる刺傷は深い色素沈着を残す傾向があります。皮膚科では、ハイドロキノンやトレチノインなどの美白剤、レーザー治療が選択肢となりますが、効果には個人差があります。
重症例では肥厚性瘢痕やケロイドが形成されることもあります。京都大学医学部の形成外科チームは、適切な初期治療と湿潤療法の継続により、瘢痕形成リスクを約60%減少させることができると報告しています。