薬の飲み合わせ以外にも、納豆を日常的に1日3〜5パック以上食べ続けるような生活には、複数の健康的デメリットが潜んでいます。
大豆イソフラボンの過剰摂取
大豆に含まれるイソフラボンは女性ホルモン（エストロゲン）に似た働きをしますが、内閣府食品安全委員会は、通常の食事に上乗せする特定保健用食品等からのイソフラボン摂取上限を1日30mg（大豆イソフラボンアグリコン換算で総摂取上限は1日70〜75mg）としています。納豆1パックには約35〜45mgのイソフラボンが含まれるため、毎日何パックも食べ続けるとホルモンバランスが乱れ、月経周期の異常や体調不良を招く恐れがあります。
プリン体による尿酸値上昇と痛風
大豆製品はプリン体が比較的多めで、納豆1パックには約57mgのプリン体が含まれます。高尿酸血症や痛風の既往歴がある人が過剰に食べると、尿酸値の急上昇を招き、激痛を伴う痛風発作の引き金になります。
強すぎる整腸作用による腹痛・下痢
納豆菌は胃酸に負けず生きて腸まで届く強力な善玉菌ですが、過剰に摂取すると腸内細菌叢のバランスが崩れ、かえって腹痛や下痢、腹部膨満感（ガス溜まり）を引き起こすことがあります。さらに納豆に豊富な不溶性食物繊維は、摂りすぎると便のかさを増やしすぎて便秘を悪化させる要因にもなります。
