二人の関係性を語る上で欠かせないのが、「バイキンマンはドキンちゃんの手下ではない」という公式設定だ。ドキンちゃんはバイキンマンの家来ではなく、食卓を共にする「居候」のような立ち位置であり、互いに独立した存在としてバイキン城に暮らしている。バイキンマンがバイキン星から地球へやってきた後、彼を追うようにドキンちゃんが赤い卵に乗って飛来したという経緯がある。
ドキンちゃんのワガママにバイキンマンが嫌々従っているように見えるシーンも多いが、そこには深い信頼と腐れ縁のような絆が存在する。ドキンちゃんがしょくぱんまんに思いを寄せていることを知りながらも、バイキンマンは彼女の頼みを断り切れない。この絶妙なバランスこそが、彼らの関係をただの悪役コンビではない魅力的なものに昇華させている真相なのだ。
