メガ色違いの出現確率や入手方法の真相に迫ると、『ポケモンGO』におけるメガレイドは極めて強力な色違いスポットであることが分かります。通常の野生ポケモンにおける色違い出現率がおよそ「約1/500（約0.2%）」であるのに対し、メガレイド勝利後のゲットチャレンジにおける色違い確率は「約1/64（約1.56%）」前後に設定されている検証データが主流です。
さらに、メガレックウザやメガゲンシカイキといった伝説級メガポケモンの場合は、伝説レイドと同等の「約1/20（約5.0%）」という破格の高確率が適用されます。野生で色違いを狙うよりも圧倒的に遭遇しやすいため、メガエナジー集めと色違い厳選を同時に行えるメガレイドは、トレーナーにとって最重要の周回ルートとなっています。
