『東方Project』の最大の魅力は、ゲーム内テキストだけでは語り尽くされない「行間の設定」にあります。公式書籍『東方茨歌仙』や『東方智霊奇伝』などの公式コミカライズ作品を通じて明かされた東方キャラ裏設定・公式設定には、知的好奇心を刺激する数多くの仕掛けが施されています。
特筆すべきは、幻想郷という世界の維持構造です。幻想郷は「博麗大結界」によって隔離されていますが、この結界の管理には八雲紫をはじめとする「幻想郷の賢者たち」（摩多羅隠岐奈、茨木華扇など）が深く関わっています。彼女たちは表向きは対立したり平穏を装ったりしつつも、裏では生態系のバランスを厳密に保つための政治的謀略を巡らせています。
また、主人公・博麗霊夢の神社に参拝客（人間）が来ない理由も公式に語られています。妖怪退治の専門家である霊夢のもとには日常的に強力な妖怪たちが集まるため、一般の里の人間が恐れて近寄れないというジレンマが存在します。こうした緻密な生活感と世界の裏事情が、キャラクター間の関係性に深い陰影を与えています。
