ネット上の情報だけでは見えにくい決定的な差が生じるのが、店舗ごとのアニマルカフェ衛生管理実態とアニマルウェルフェア（動物福祉）への姿勢です。動物カフェは第一種動物取扱業の登録が法律（動物愛護管理法）で義務付けられていますが、現場の飼育環境には依然として格差が存在します。
取材を通じて判明した、優良店と避けるべき店舗を見極めるチェックポイントは以下の通りです。
優良店では、入店時の手洗い・靴底消毒の徹底はもちろんのこと、動物たちの休憩ローテーション（バックヤードへの退避時間）が厳密にシフト化されています。東京都動物愛護相談センターの指針に則り、展示時間を制限し、動物がストレスを感じた際に逃げ込める隠れ家が店内に確保されています。
対照的に、獣臭が店内に充満している、排泄物が放置されている、眠っている動物を無理やり起こして客に触らせるといった施設は、動物に過度な負担を強いているだけでなく、感染症や衛生トラブルのリスクを孕んでいます。入店時に漂う空気感やスタッフの動物に対する接し方を観察することが、健全な運営体制を見極める重要なバロメーターとなります。
