大原三千院の景観が最も華やぐ季節が秋です。例年の紅葉の見頃は11月中旬から11月下旬にかけて。京都市街地よりも気温が2〜3度低いため、市内中心部より一足早く色づきが始まります。
有清園では、頭上に広がる真紅のモミジと足元を覆う青苔のコントラストが息をのむ美しさを創出します。落ち葉が苔の上に散り敷く「敷き紅葉」の時期には、緑と赤が織りなす天然のタペストリーが広がり、写真愛好家にとっても絶好のシャッターチャンスとなります。
また、5月から6月にかけての新緑・青もみじの季節も見逃せません。雨露に濡れて一層鮮やかさを増す苔と、初夏の日差しを浴びて輝く若葉の組み合わせは、紅葉期に勝るとも劣らない清涼感に満ちています。6月中旬からは奥の院周辺の「あじさい苑」で数千株の紫陽花が咲き競い、四季を通じて異なる表情で参拝者を迎えてくれます。