阿嘉島旅行を計画する上で最大の脅威となるのが、天候悪化による欠航です。座間味村の船舶運行状況は、毎朝8:00（冬場や気象急変時は7:30前後）に村役場から公式Webサイトおよび公式SNSで一斉発表されます。しかし、発表を待つだけでなく、気象庁の沿岸波浪予想図から事前に運航の可否を高い精度で予測することが可能です。
判断の基準値となるのが「沖縄本島中南部および慶良間諸島周辺の有義波高」です。
- 波高1.5m〜2.0m：全便通常運航。揺れも比較的穏やか。
- 波高2.5m：クイーンざまみに「動揺注意」の黄色信号。減速運航による遅延や、一部便の欠航検討が始まる。
- 波高3.0m：クイーンざまみは高確率で終日欠航。フェリーざまみのみが条件付き運航（揺れ大）。
- 波高3.5m以上：全便欠航がほぼ確定。島が完全に孤立する状態。
さらに見落とせないのが「阿嘉島抜港（ばっこう）」という現象です。港湾の構造上、外洋からのうねりが阿嘉港の防波堤開口部に直撃しやすい南西風や冬の強烈な北うねりの際、座間味港には接岸できても「阿嘉港のみ危険と判断され通過する」ケースが存在します。「座間味行きが動いているから阿嘉島も大丈夫」と過信していると、旅程の根本的な見直しを迫られることになります。
