シーシェパードが日本の調査捕鯨（JARPA IIなど）を標的に定めたのは2005年頃のことです。日本の調査捕鯨船団に対し、小型ボートによるプロペラへのロープ絡ませ、刺激臭を放つ酪酸（酪酸弾）の投擲、乗組員への強力グリーンレーザー照射など、人命を脅かす危険行為を組織的にエスカレートさせていきました。
その過激化が頂点に達したのが、2010年1月6日に発生した高速抗議船「アディ・ギル（Ady Gil）号」の沈没事故です。ステルス形状のカーボンファイバー製高速ボートであったアディ・ギル号は、日本の監視船「第2昭南丸」の進路に急接近し、自ら船体を接触させて大破・沈没しました。
その後、アディ・ギル号の船長ピーター・ベスーンは夜間に水上バイクで第2昭南丸へ不法侵入し、身柄を確保されました。日本国内へ連行されたベスーンは、威力業務妨害や艦船侵入、傷害などの罪で起訴され、東京地裁で懲役2年執行猶予5年の有罪判決を受けて国外追放処分となっています。
現場の海上保安庁関係者は、当時の危険極まりない状況を次のように振り返っています。
「相手は法執行機関ではなく武装した民間ゲリラに近い感覚でした。酪酸を浴びた保安官が化学熱傷を負うなど、一歩間違えれば死者が出る極めて悪質なテロ行為が繰り返されていたのです。」
その後、日本鯨類研究所と共同船舶は米連邦裁判所に提訴。2016年には米裁判所において、シーシェパード側が日本の捕鯨船に対する物理的攻撃や異常接近を永久に禁じる命令を受け入れ、事実上の全面敗訴という形で法的な歯止めがかけられました。
